Từ năm 1945 đến năm 1947, Malinovsky là Tư lệnh Quân khu Zabaikal - Amur sau đó từ năm 1947 đến năm 1953 ông là Tư lệnh tối cao các lực lượng vũ trang Liên Xô ở Viễn Đông. Ông cũng là người chỉ huy việc huấn luyện và tiếp viện cho quân đội Bắc Triều Tiên và Giải phóng quân Trung Quốc trước và trong Chiến tranh Triều Tiên (1950-1953). Ngoài ra, ông cũng là ủy viên Xô viết Tối cao của Liên Xô và ủy viên dự khuyết Trung ương Đảng Cộng sản Liên Xô.

Sau cái chết của Stalin năm 1953, Nikita Khrushchev trở thành người lãnh đạo Liên Xô, Malinovsky được thăng chức Tổng tư lệnh lục quân và Thứ trưởng Bộ Quốc phòng Liên Xô. Mặc dù là bạn của Khrushchev, Malinovsky vẫn giữ được quan điểm độc lập của mình trong những vấn đề về quân sự. Ông ủng hộ việc phát triển tên lửa hạt nhân chiến lược để phòng vệ nhưng phản đối ý kiến của Khrushchev và một số người khác cho rằng vũ khí hạt nhân sẽ đóng vai trò quan trọng nhất của chiến tranh trong tương lai. Ông đã xây dựng lực lượng quân sự Xô viết trở thành lực lượng hoàn thiện và có sức mạnh hàng đầu thế giới, trở thành đối trọng của Hoa Kỳ về vũ khí hạt nhân.

Sau khi Khrushchev bị hạ bệ tháng 10 năm 1964, những người lãnh đạo mới đã chấp nhận đề nghị của Malinovsky về một lực lượng quân sự độc lập và chuyên nghiệp cũng như ý tưởng của ông về việc phát triển cân bằng các lực lượng vũ trang.

Malinovsky mất ngày 31 tháng 3 năm 1967, ông đã được Nhà nước Liên Xô tổ chức quốc tang và được an táng tại chân tường của Điện Kremlin. Tên của ông đã được đặt cho Học viện thiết giáp Moskva và một Sư đoàn Cận vệ thiết giáp tinh nhuệ. Sau sự sụp đổ của Liên Xô năm 1991, Malinovsky vẫn được coi là một trong những lãnh đạo quân sự quan trọng nhất trong lịch sử của Liên bang Nga.